以前より、SYNTAXHIGHLIGHTERを使う際にURLが勝手に変換されて困っていたのだが、ようやく解決策が見つかった。

こちらを参考にした。
SyntaxHighlighter には pre タグではなく script タグがお得 | blog.remora.cx

そもそもの問題点
SYNTAXHIGHLIGHTERを使ってソースを表示する際に、以下のようにURLが勝手に変換されてしまい、ソースの表示がおかしくなっていた。
var url = "http://localhost/";
これを解決する方法として、preタグの代わりに<script> + CDATA セクションを使ってみたら、urlも問題なく表示されるようになった。

素晴らしい!